В УТ 10.3 создадим категорию у товара "удалить с сайта". Выгружаем только измененные объекты.

На стороне сайта делаем обработчик событий в файле /bitrix/php_interface/init.php для всех сайтов, либо для отдельного сайта /bitrix/php_interface/ID сайта/init.php

AddEventHandler('catalog', 'OnSuccessCatalogImport1C', 'DeleteCatalogItems');

function DeleteCatalogItems()
{
$IBLOCK_ID = 3;
if(CModule::IncludeModule("catalog") && CModule::IncludeModule("iblock")){
$arSelect = Array("ID", "IBLOCK_ID", "NAME", "PROPERTY_UDALIT_S_SAYTA");
$arFilter = Array("IBLOCK_ID"=>IntVal($IBLOCK_ID), "ACTIVE"=>"Y", "!PROPERTY_UDALIT_S_SAYTA"=>false);
$res = CIBlockElement::GetList(Array(), $arFilter, false, false, $arSelect);
while($ob = $res->GetNextElement()){
$arProps = $ob->GetProperties();
if ($arProps['UDALIT_S_SAYTA']['VALUE'] == 'Да') {
$arFields = $ob->GetFields();
if(CIBlock::GetPermission($IBLOCK_ID)>='W')
{
if(!CIBlockElement::Delete($arFields["ID"]))
{
print "failure\n".'Delete error! '.$arFields["ID"].", ".$arFields["NAME"];
}
}
}
}
}
}